1. SCHEMA 是一种结构指导的重组算法，它基于识别蛋白质三维结构中距离 4.5 Å 以内的氨基酸残基对，构建 接触矩阵，通过优化算法选择使结构破坏最小的交叉位点。
2. ProSAR（蛋白质序列-活性关系）是一种 数据驱动 的计算辅助进化算法，通过统计分析序列变异与催化活性的关系来指导下一轮突变设计。
3. HotSpotWizard 是一个网络服务器，通过整合 结构、功能和进化 信息，快速识别蛋白质工程中的热点残基，用于改造酶的活性、底物范围和 立体选择性。
4. 其他文库构建辅助工具包括 GLUE-IT / PEDEL-AA、CASTER 和 B-FITTER 等，它们帮助研究者进行库容量估算和靶点选择。