从头设计与催化杂泛性
掌握 De Novo 设计工具及利用催化杂泛性改造酶功能的策略
1. 催化杂泛性 (catalytic promiscuity) 是指酶催化非天然底物或多种不同化学反应的能力。
2. De Novo 酶设计常用工具 RosettaDesign,可从零搭建具有新催化活性的蛋白质骨架。
3. 利用催化杂泛性作为起点,通过定向进化可将微弱副活性提升为主要功能。
4. 酶的活性位点往往具有容纳多种过渡态的柔性,这是杂泛性的结构基础。
5. QM/MM (量子力学/分子力学) 方法是研究酶促反应化学键断裂与形成的核心多尺度计算工具。