蛋白质结构预测的两大路径

模板依赖建模 · Template-based

核心依据：结构比序列更保守，即便序列相似度较低，仍可基于同源蛋白的已知结构进行可靠建模。

依赖资源：PDB 数据库中实验解析的同源蛋白结构作为模板。

适用场景：目标酶在 PDB 中存在同源模板；是目前 CASP 评估中占绝对主流的预测类别（164/177）。

潜在风险：结构漂移 —— 同源序列可能折叠成不同构象，88% 序列一致性的设计蛋白也可能呈现不同结构与功能。

无模板建模 · Template-free

核心依据：仅从氨基酸序列出发预测三维结构，不依赖任何已知同源模板。

适用对象：PDB 中缺乏显著相似性的新折叠类型（new folds）。

当前局限：成功率低于 50%；CASP8 中仅 13 个目标属于此类，且只有 2 个被认定为真正的新折叠。

未来趋势：随着结构基因组学推进，实验结构将填满折叠空间，无模板需求预计下降。