1. 基于序列同源性的筛选依赖已知酶的序列模式，可识别功能相似但性质不同的新变体。
2. 基因挖掘（gene mining）本质上是对序列数据库的 in silico 筛选，随后进行基因合成、克隆与湿实验验证。
3. 酶功能注释与序列比对的三大基础设施是 BRENDA（酶学）、UniProt（蛋白序列）和 SCOP（结构分类）。
4. 基于 PCR 的筛选利用已知酶的保守序列特征，从单个或多个基因组/宏基因组中扩增出新变体。